中央主力紅軍開始長征后，國民黨反動派對閩北蘇區發動了大規模的軍事圍攻。閩北進入三年游擊戰爭時期，為適應游擊戰爭的需要，1935年2月中共閩北分區成立了西南戰區，建陽獨立營大部份人員被調往戰區組建西南戰區獨立營。建陽獨立營留下10余人，由新任縣委書記邱有貴率領，在轉戰期間，崇安桐木、程墩一帶的群眾，給建陽獨立營很大的支持。他們千方百計給部隊送去糧食，有時還把糧食埋在山上，通知部隊去挖出來。隨著斗爭形勢的緊張，國民黨反動派一面實行移民并村，一面加緊對山上的封鎖，妄圖使建陽獨立營斷糧。在“圍剿”、“搜剿”、“追剿”中，建陽獨立營始終不為困難所嚇倒。他們總是看準時機，打幾個土豪劣紳，搞來一些糧食和生活用品，度過難關。有一回，莒口有個姓羅的保長，他的叔叔是鄉聯保主任，有20多條槍。游擊隊就做通其叔的工作，向其購買了1500多發子彈，使建陽獨立營的武裝得到充實。邱有貴是一位機智勇敢的指揮員，建陽獨立營雖然人數少，但由于他運用靈活的戰術，經常打得敵人昏頭轉向。一次，在崇安程口村發現有一股收稅兵前來收稅，在邱有貴的安排下，游擊隊事先選好地形埋伏好，待這隊收稅兵進入埋伏圈時，邱有貴一聲令下，游擊隊十多條槍齊放，一下子就打死了好幾名收稅兵，繳獲了十多條槍。在艱難困苦的游擊戰爭中，建陽獨立營始終與老百姓同生死，共患難。洋墩有一位大爺因為為部隊購買物質，被敵人抓去毒打。邱有貴就馬上前去安慰他，還送去幾十元給他療傷。在斗爭中，敵人每到村莊，就會翻開群眾的米缸，搶去糧食。于是獨立營的戰士就事先在米缸里安上炸藥，炸得敵人死的死，傷的傷。1935年8月，建陽縣獨立營根據中共閩北分區委的新方針，充分發揮人少靈活的特點，沖出包圍圈，迅速在崇陽兩縣交界的華溪、交溪、焦嵐、翁山、橫墩、洋墩等地一帶扎下根基。9月，建陽縣獨立營在麻沙河及莒口公路上截擊國民黨運輸軍用物資的木船和汽車，繳獲大批彈藥、軍棉大衣、軍毯等物資，并攻入莒口街抓了十余名土豪劣紳，勝利返回麻沙華溪梁仰駐地。

1936年12月，由于建陽獨立營在斗爭中取得節節勝利，隊伍愈來愈發展壯大，已有能力完全控制建陽崇安邊境地區的斗爭形勢，經閩贛省委決定，撤消西南戰區的建制，著力鞏固發展建陽獨立營。

1937年“七?七事變”發生之后，為抵御日軍的不斷進犯，國共雙方達成合作抗日協議，10月，中共閩贛省委也和國民黨地方當局簽定停戰抗日協議，不久中共建陽縣委在麻沙梁仰駐地與國民黨麻沙駐軍也達成停戰抗日協議，之后，邱有貴接到中共閩贛省委下山集中的通知，立即率領建陽縣獨立營100余人到達崇安長澗源集中，隨后開赴江西石塘鎮參加新四軍的整編。1938年2月，在組建新四軍的過程中，建陽獨立營除留下一個班之外，其余人員全部編入新四軍第三支隊第五團第三營，原邵建順獨立營所擴建的第六縱隊被編入第三支隊第五團第二營。在石塘整編時，鑒于建陽獨立營的功勛卓著，省委還將特制的銀質《閩浙贛邊區堅持斗爭紀念章》授予建陽獨立營的10多名戰士。

建陽縣獨立營在它組建的那一天起，在縣委的直接領導下，在閩北紅軍和各兄弟部隊以及本縣群眾武裝與廣大群眾的支持配合下，為保衛蘇區和擴大根據地而戰斗不息。一個戰士倒下了，便有更多的戰士義無返顧地挺身而出，前赴后繼。建陽縣獨立營存在的時間共約七年零三個月，一共參加各種戰斗近百起，共擊斃和俘敵近千名，繳獲各種槍支700余支（挺）以及其他戰利品無數。建陽縣獨立營對國民黨反動軍隊及地方各種反動勢力的有力打擊，不僅保衛和鞏固了建陽蘇區，而且有力地支援了中央紅軍的反“圍剿”斗爭及長征，作出了不可磨滅的貢獻。